Détail du sujet

02/12/2018 Sujet 48 :  Application web hospitalière de suivi de leucémie : amélioration de la traçabilité
Auteur : Mathieu Giraud  Ecrire 
(Responsable Informatique : Mikaël Salson  Ecrire )

Destinés aux laboratoires effectuant du suivi de leucémie ou des recherches en immunologie, la plateforme Vidjil et l'algorithme Vidjil-algo ont été réalisés en open-source par l'équipe de bioinformatique Bonsai (CRIStAL et Inria Lille) en collaboration avec l'hôpital de Lille et d'autres hôpitaux français et étrangers. L'application web, développée en Javascript objet et HTML5 (client) et python/web2py (serveur), permet de visualiser des résultats d'analyse comme ceux de Vidjil-algo et de les annoter.

Le serveur public app.vidjil.org a ouvert fin 2014, et plusieurs hôpitaux installent désormais Vidjil et Vidjil-algo dans leurs laboratoires. La plateforme a aujourd'hui plus de 40 laboratoires utilisateurs en France et dans le monde. Sur les deux dernières années, plus de 2 000 échantillons de patients atteints de leucémies aiguës ou chroniques ont été ainsi analysés avec l'aide de Vidjil et Vidjil-algo. En janvier 2018, le consortium VidjilNet démarre au sein de la Fondation Inria. Regroupant nos usagers hospitaliers, VidjilNet soutient le développement et le support de Vidjil et de Vidjil-algo. Deux postes d'ingénieur sont en cours de création au sein de ce consortium.


## Objectifs

En milieu hospitalier, les informations obtenues à partir de Vidjil permettent d'identifier le clone au diagnostic pour mieux assurer le suivi des patients afin d'évaluer leur réponse au traitement ou d'identifier toute rechute. Les résultats issus de Vidjil sont donc très importants pour le patient. Il est indispensable d'assurer une robustesse des résultats et une facilité d'utilisation en milieu hospitalier.

Ce projet a pour but d'améliorer l'utilisation et la robustesse de Vidjil, que ce soit d'un point de vue utilisateur en milieu hospitalier, ou d'un point de vue de développeur. Concrètement, le travail portera sur deux points:

- mettre en place un schéma de validation. Toutes les actions effectuées par les utilisateurs sont déjà enregistrés en base de données. Certains utilisateurs auront des droits de signature, qui figeront les analyses dans un certain état (python / base de données) ;

- améliorer la création de rapports patients, notamment en prenant en compte les signatures développées dans le schéma de validation et en incluant des QR-codes sur chaque rapport généré (javascript) ;

## Compétences et qualité du code

Compétences souhaitées: développement agile (git/gitlab, tests, intégration continue), développement web javascript, tests unitaires et fonctionnels, docker, administration système. Il n'est pas demandé de connaissances en bioinformatique.

Le code sera écrit avec grand soin, documenté et testé. En cas de succès du projet, les développements effectués seront validés par les équipes hospitalières avec lesquelles nous travaillons et déployés pour tous nos utilisateurs.

## Perspectives de stage et d'emploi

L'équipe Bonsai a régulièrement des propositions de CDD sur ce projet (4 ingénieurs dans l'équipe depuis les trois dernières années), et des postes d'ingénieur en CDI sont en création au sein du consortium VidjilNet.

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