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30/11/2018 Sujet 18 :  Visualisateur interactif des gènes de l'homme et de la souris
Auteur : Jean-Stéphane Varré  Ecrire 
(Responsable Informatique : Jean-Stéphane Varré  Ecrire )

Nous avons développé une méthode nommée CG-alcode capable de comparer
les gènes de l'homme et de la souris. Rappelons brièvement qu'un gène
est constitué d'exons et d'introns (des segments sur le génome) et
qu'à partir d'un gène, un ARN (nommé transcrit) est construit par
suppression des introns (c'est l'épissage) puis donne lieu à une
protéine (c'est le dogme central) [lien1]

Mais la réalité est plus complexe. Un gène peut donner lieu à
plusieurs ARN, en ne sélectionnant qu'une partie des exons. C'est une
façon d'augmenter la diversité de produits pour un même gène [lien2].

C'est à l'étude de cette diversité que la méthode CG-alcode
s'intéresse. Le répertoire des transcrits pour un même gène chez
l'homme et la souris n'est pas le même. Pour chaque paire de gène
homme-souris nous comparons donc leurs transcrits, et la méthode
prédit si des transcrits connus chez l'homme pourraient exister chez
la souris et inversement.

D'un point de vue informatique les transcrits sont écrits par
CG-alcode sous la forme d'une chaîne de caractères sur un alphabet
commun aux deux gènes comparés (i.e. deux régions conservées porteront
la même lettre).

Il s'agira dans ce travail de développer un navigateur web afin de fournir
à l'utilisateur de la méthode la possibilité d'explorer ses résultats :
- visualiser les transcrits qui sont retrouvés identiques
- visualiser les parties conservées dans les transcrits non identiques
- visualiser ce qui empêche un transcrit d'exister chez une autre espèce
- visualiser la ressemblance au niveau de la séquence génomique des parties conservées
- etc
- et aussi avoir des visualisations de statistiques sur l'ensemble des gènes comparés

Technologies utilisées : Python, Javascript, R Shiny.

Aucune connaissance n'est requise en biologie pour ce projet.

Référence :
Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré, Paul Guertin, Amandine Perrin, Anne Bergeron† and Krister M. Swenson
Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology, BMC Genomics 2016 17(Suppl 10):786.
[lien 3]

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Affecté à : Cyprien Borée [M1-INFO]  Ecrire 
Soutenance : prévue le 28/05/2019 à 08h30     Salle : M5 A11