Initiation à la bioinformatique
Master recherche Biologie-Santé
Cet enseignement est une initiation à la bio-informatique faisant partie de l'unité d'enseignment commune du Master 2 recherche Biologie-Santé de Lille. Il se déroule au début du premier semestre, sur 2 jours (2*3h de cours et 4h de TD sur ordinateur).
Cet enseignement est destiné à des étudiants n'ayant jamais pratiqué de bioinformatique. Il leur permet de découvrir les principaux outils de recherche bibliographique, de manipulation des séquences biologiques et d'annotation des génomes.
Cet exercice consiste en l'analyse d'un ADNc (copie d'ARNm) extrait de l'organisme Toxoplasma gondii. C'est un parasite qui fait partie de la famille des Apicomplexes dont fait partie également Plasmodium falciparum. Les apicomplexes sont des protozoaires. Ils possèdent également des gènes qui proviennent soit des algues vertes, soit des algues rouges (l'origine exacte de ces séquences n'est pas encore prouvé). Cet ADNc a été isolé et étudié début 1999. Voici la référence de l'article qui décrit l'étude de cette séquence :
The protozoan parasite Toxoplasma gondii expresses two functional plant-like
glycolytic enzymes. Implications for evolutionary origin of apicomplexans.
Dzierszinski F, Popescu O, Toursel C, Slomianny C, Yahiaoui B, Tomavo S.
J Biol Chem. 1999 Aug 27;274(35):24888-95